Mukowiscydoza dotyka wielu układów i narządów. W jej przebiegu najbardziej podatny na uszkodzenia jest układ oddechowy. Zalegający w oskrzelach gęsty, trudny do usunięcia śluz służy za pożywkę dla bakterii. W wyniku przewlekłego zakażenia bakteryjnego dochodzi do postępującego uszkodzenia płuc i niewydolności oddechowej, a w efekcie do przedwczesnej śmierci lub konieczności przeszczepienia płuc. Innym z powikłań mukowiscydozy jest marskość wątroby, wówczas u części pacjentów niezbędne są także transplantacje wątroby. Są one jednak zdecydowanie rzadziej wykonywane niż transplantacje płuc.
Transplantacja płuc dla wielu osób jest jedyną skuteczną metodą leczenia. Zakwalifikowani do przeszczepu mogą być chorzy, u których wykorzystano już wszelkie metody leczenia a jednocześnie nie stwierdzono u niech istotnych przeciwskazań do tej formy terapii.
Pojawienie się leków przyczynowych, daje nadzieję, że z czasem co raz mniej pacjentów z mukowiscydozą będzie musiała być poddawana transplantacji.